De Florentijnse fles diende voor het scheiden van twee onderling niet te mengen vloeistoffen met verschillende dichtheid. De Florentijnse fles werd bijvoorbeeld toegepast bij het verkrijgen van vluchtige oliën uit planten. Dit gebeurde door middel van stoomdestillatie. Water werd in een stoomketel tot koken gebracht. De hete stoom werd vervolgens geleid over plantenmateriaal waardoor de etherische olie hieruit verdampte en zich mengde met de waterdamp. Door dit mengsel weer te condenseren in een koelbuis werd een kleine hoeveelheid vluchtige olie verkregen die bovenop het gecondenseerde water dreef. Door het condensaat op te vangen in een Florentijnse fles, konden water en olie gemakkelijk van elkaar worden gescheiden door eerst de onderstaande vloeistof (water) weg te laten lopen en daarna pas de vluchtige olie.